Les mondes des digimons et des pokémons étaient,au commencement,séparés.
Mais un jour,une faille dans le Digimonde s'ouvrit.D'autres suivirent,et maintenant les deux mondes sonts reliés.
Les humains,dans leur monde,ne se doutent pas de l'existence de ces deux mondes.Mais les trois mondes sonts en danger,car une entitée inconnue commence a apparaitre dans le monde digital et dans le pokémonde,certains pokémons et digimons se firent posséder.
Alors,quelques humains furent choisis pour devenir Digi-Destineds et Dresseurs,chacun ayant respectivement un digimon et un pokémon.Maleureusement,certains de ces élus tombent du côté obscur...